自元迄明至于清初,随着土司制度在武陵地区的建立,武陵地区的民族关系进一步发展,民族格局发生了结构性转型。一方面,武陵地区与内地的联系进一步密切,族际人口交流达到了新的规模。同时,中央王朝为强化国家统治的文化基础,以制度化的方式大规模的推行儒学教育,促进了汉文化在武陵地区的深度传播,这些极大地促进了民族交融的深化,推动了民族关系的和谐发展。另一方面,在封建专制的民族压迫体制之下,武陵地区各民族反抗暴政的斗争此起彼伏,区域内的3大主体民族——土家族、苗族、汉族之间也形成了某种不平等的民族关系,使武陵地区的民族关系格局出现结构性的分化,对于民族关系产生了消极影响。